Durante ese año 1953, la soledad de Juan se ahonda con motivo de varios fallecimientos ligados, en mayor o menor medida, al mundo de sus afectos. El suicidio de "Juancito" Duarte le ha afectado más allá del conflicto político que le acarreó. Era, en la óptica de Juan, "un buen muchacho" que se mareó al subir muy alto repentinamente, pero Juan lo quería, y además, Evita le tenía un gran cariño, aunque le propinase retos periódicos por su conducta. Tiempo antes, el 21 de febrero, había fallecido en Montevideo, don Miguel Miranda. La noticia de su desaparición le causa hondo pesar: "Fue el colaborador más extraordinario que tuve (...) La nacionalización del Banco Central fue idea de él, como fueron ideas suyas casi todas las creaciones del sistema financiero actual". Su alejamiento del gobierno no ha disminuido el afecto de Juan y el 26 de marzo inaugura un busto en su memoria.
Ahora, el 30 de mayo, le comunican que allá en el sur ha muerto su madre, Juana Sosa Toledo de Canosa, casada en primeras nupcias con Mario Tomás Perón. La noticia periodística reseña que "en el Sanatorio Napolitani, de Comodoro Rivadavia, fue internada con urgencia, en horas de la tarde del día de ayer -30 de mayo- la madre del señor Presidente de la Nación, falleciendo poco después, a las 20.50. Sus restos serán trasladados a Buenos Aires, en un avión de la Fuerza Aérea, para ser inhumados el día lunes 1° de junio, en el cementerio de la Chacarita".
Las relaciones de Juan con su madre fueron complejas desde su niñez. Probablemente, ese niño arrancado de sus amigos y del paisaje verde de la pampa para sumergirlo en las temperaturas bajo cero de la Patagonia nunca llegó a comprender las razones de sus padres y menos aún el adolescente que rebota desde el lejano sur para caer en pleno centro porteño y en la plena soledad de la familia Dutey, agravada luego por el internado y el Colegio Militar. Más allá de sus declaraciones acerca de que "mamita era muy criolla", "mujer de coraje" y otras por el estilo, algo andaba mal en el mundo de sus afectos pues deja de verla durante largos períodos. Después, aquella reincidencia en el matrimonio, por parte de doña Juana con un joven de apellido Canosa también había disgustado a Juan, de tal modo que a su fallecimiento hacía tiempo que no tenían vínculo alguno. Según alguna versión, doña Juana se había acercado a Buenos Aires al producirse el fallecimiento de Evita, pero esa visita no se halla corroborada.
Seguramente, en los medios antiperonistas se ha conocido este distanciamiento entre Juan y su madre, lo que suscita uno de esos "golpes bajos" que normalmente reemplazan la polémica profunda: tan grave es la inhumanidad y el corazón helado del "dictador" que ni siquiera ha estado presente en las exequias de su madre. Esta versión se difunde no solo en su momento sino luego, durante años, para atacar a Perón, como verdad instalada e incontrovertida.
Joseph Page investigó este tema y afirma: “Hasta la fecha -1983- persiste -tanto entre los peronistas como entre los antiperonistas- el mito de que Perón no se dignó a asistir a los funerales de su madre cuando se produjo su deceso en 1953: se dice que él estaba probando nueva lancha de carrera en el Río de La Plata en el momento de su entierro. A pesar de que hay hechos de fácil comprobación que indican que Perón acompañó el cuerpo de su madre hasta el cementerio desde el aeródromo militar de Buenos Aires, adonde había sido transportado desde la ciudad sureña donde falleció, y que estuvo presente en la misa y entierro -todo lo cual esta ampliamente documentado en fotografías publicadas en los diarios- la repetición de esta calumnia no ha cesado. Esto es un ejemplo más de la distorsión de una información verídica sobre el carácter de Perón -en este caso su extraño comportamiento respecto a su madre- con inexcusables deformaciones de los hechos”. A los efectos de fundamentar su conclusión, Page cita las siguientes fuentes: La Prensa, 31 de mayo 1953, pag. 2; 1° de junio, pág. 3; 2 de junio, pág. 3 y Democracia, 2 de junio de 1953, págs. 1 y 3.
Más allá de la infamia de la oposición, lo cierto es que ese distanciamiento con su madre se integra a un mundo de circunstancias que signan la soledad de Juan. Fallecidos sus padres, viudo por segunda vez, sin hijos, a los sesenta años su ámbito familiar no existe. Mario, su hermano, mantiene mejores relaciones con los animales del Jardín Zoológico del cual es Director, que con su propio hermano, con quien se encuentra solo de tanto en tanto. “Era el único de los Perón que quedaba en línea directa y el único Perón que se entendía con los “gorilas”... en el zoológico”, bromea Juan, procurando disminuir la distancia que los separa.
También los amigos escasean. Algunos de sus ministros son buenos técnicos, como Gómez Morales, aunque un tanto liberal... pero no más que buenos técnicos. Carrillo es la excepción, con el cual conversa siempre que puede. Y después, los otros... lo ha dicho últimamente, alcahuetes, burócratas, visitas que vienen a proponerle negocios o coimas... “Juancito” que lo ha defraudado, el “vidriero” Freire, por sobre todo, un hombre honesto, que también ha renunciado últimamente al Ministerio de Trabajo... Scalabrini, Jauretche, Cooke... Lejos... siempre con su “manía” de criticar, de conservar independencia de criterio...